Nous sommes à Los Angeles à l'époque immédiatement après le 11 septembre : une équipe composée d'un agent du FBI travaille dans l'unité antiterroriste Ray Kastende sa meilleure amie Jess Cobb (Julia Roberts) éd.aux détectives Willis cahoteux Et Reg Siefert, occupé dans la surveillance d'une mosquée. Selon un informateur qui n'a de contact qu'avec Siefert, à l'intérieur de la mosquée pourrait se trouver un groupe terroriste qui n'est pas actif mais qui est prêt à être appelé à l'action. Voici ce qui se passe dans le film Le secret de ses yeux.
De quoi parle Secret in Her Eyes : l'intrigue du film avec Nicole Kidman et Julia Roberts
Un jour, l'équipe est appelée pour retrouver le corps d'une jeune fille juste à côté de la mosquée. Ray reconnaît immédiatement la fille : il s'agit de Caroline, La fille de Jess. Ray était censé rencontrer Carolyn dans une pâtisserie, peu avant sa mort, pour acheter un gâteau d'anniversaire pour sa mère, mais il a annulé le rendez-vous à la dernière minute pour des raisons professionnelles. Dévasté par la douleur, Ray commence à enquêter et à faire la lumière sur le meurtre, officieusement, car l'affaire relève de la compétence de la police des homicides. Il demande donc de l'aide Claire Sloan (Nicole Kidman), procureur adjoint. Malheureusement, même si le jeune homme a avoué qu'il était un informateur de Siefert, un agent de la brigade antiterroriste de Los Angeles, il n'a toujours pas pu être touché. Puis, les preuves contre le jeune Marzin sont détruites et il disparaît. Ray est transféré à New York, mais décide de quitter le FBI et devient détective privé.
Treize années passent et Ray continue d'être obsédé par le cas de Carolyn et par Marzin, le suspect de l'époque. Il retourne ainsi à Los Angeles où il se retrouve Claire, aujourd'hui procureure, pour qui il a toujours eu un faible et Jess, sa meilleure amie devenue depuis chef de la police. Il révèle aux deux femmes qu'il a enfin retrouvé Marzin et demande la réouverture du dossier. Tous deux hésitent cependant car Claire craint que Ray se laisse guider par son obsession et Jess n'a plus l'intention de revivre de vieux souvenirs. Mais Ray, sûr d'avoir trouvé le tueur, n'abandonne pas…
Comment ça se termine Le secret de ses yeux : voici ce qu'on découvre à la fin
La fin du film se conclut sur un double rebondissement complètement inattendu et plutôt surprenant. Ray, déterminé à traduire Marzin en justice pour la mort de Carolyn, continue de le suivre. En le suivant un jour, elle le voit entrer dans une maison isolée à la campagne, qui appartient en réalité à Jess. Ray décide d'entrer ; mais, une fois à l'intérieur, il se retrouve confronté à une vérité déconcertante : Marzin est enfermé dans une sorte de cage à animaux dans l'arrière-cour de la maison et c'est Jess qui le maintient en prison depuis treize ans.
La mère de la victime, pendant toutes ces années, l'avait gardé prisonnier pour le condamner à la peine qu'il méritait réellement mais pour laquelle – en raison des protections fédérales dont il bénéficiait en tant qu'informateur – il n'avait pas été condamné. Ray, après avoir réalisé la situation, et sans rien dire, sort son arme et la pose sur la table devant Jess puis commence à creuser un trou dans le sol. Après quelques instants, il entend un seul coup de feu et voit peu de temps après Jess sortir. Dans les dernières lignes, Ray continue de creuser la tombe de l'assassin de la fille de son ami, après l'avoir aidée à se libérer d'une terrible obsession après de nombreuses années.
